2013年9月,周琦被评为全国大学生篮球锦标赛的最有价值球员。10月,他参加了全运会男子篮球比赛,在决赛中对阵北京队时,周琦投进21个三分球,为辽宁男篮带领着获得冠军。12月,他随中国大学生篮球队出征2013年世界大学生体育大会,在总排行榜上排名第二,并帮助中国大学生篮球队获得铜牌。同年,周琦被评为全国最佳大学生运动员。
2014年2月,为参加全运会男子篮球比赛,周琦和辽宁男篮教练组进行了三周的集训。在决赛中对阵天津队时,他投进20个三分球,但最终在加时赛失利。3月,他随中国大学生篮球队出征2014年亚洲运动会,帮助中国大学生篮球队获得冠军并且被评为MVP。9月,周琦被评为全国最佳大学生运动员的候选人之一,但最终未能获得此奖项。